CMBI NEWS 

February 2017

CMBI researchers develop Virtual Machine for Computer-Aided Drug Discovery

A team of cheminformatics and bioinformatics researchers from Centre for Molecular and Biomolecular Informatics, Netherlands eScience Center, BioAxis Research, and Vrije Universiteit Amsterdam have developed a freely available virtual machine to enable computer-aided drug design. The 3D-e-Chem consortium including Ross McGuireAlbert Kooistra and Gert Vriend from the Centre for Molecular and Biomolecular Informatics of Radboud university medical center, develop new cheminformatics technologies to improve the integration of chemical and biological data for the prediction of structural interactions between drug molecules and therapeutic protein targets. The computational drug discovery platform is currently applied to identify and optimize molecules that act on several proteins simultaneously (polypharmacology), while avoiding undesired side effects via interactions with off-target proteins The 3D-e-Chem software tools and virtual machine are described in a recent publication in the Journal of Chemical Modeling and Information and the computational building blocks (nodes) that enable researchers to design their own drug discovery workflows will soon be incorporated in KNIME, the leading open data analytics platform.

January 2017

Registration International Chemical Design & Discovery Course 2017 now open! 

August 2014

 Grand Round Radboud university medical center: seminar by Gert Vriend (in Dutch) 

Spreker: Gert Vriend
Als je kiest voor personalised medicine dan knaag je aan de fundamenten van de medische wetenschap. De zoektocht naar het juiste medicijn voor de juiste patient is enorm complex. 'Het aantal varianten in je genoom is al groter dan het aantal mensen op aarde, dus je komt er niet met experimenten alleen, we hebben ook simulatie en voorspelling nodig ’, stelt Gert Vriend, hoogleraar bioinformatica. ‘Wij kunnen onze computers zo programmeren dat zij op basis van driedimensionale eiwitstructuren kunnen voorspellen welke patiënt bij welk medicijn past.’ Het is dé manier om personalised medicine goed en betaalbaar waar te maken.'

Prof. dr. Gert Vriend is hoogleraar bioinformatica en hoofd van het Centrum voor Moleculaire en Biomoleculaire Informatica (CMBI) van het Radboudumc. Hij studeerde Scheikunde aan de universiteit van Utrecht, en promoveerde in Wageningen op hoe virussen hun DNA terugvinden. Hij houdt van programmeren en vindt zichzelf meer ‘geek’ dan ’nerd’. Hij is een van onze topwetenschappers en werkt aan de fundamentele en toegepaste aspecten van eiwitstructuur en informatietechnologie in biomedisch onderzoek.