Structure, function & bioinformatics

Title: Structure, function & bioinformatics
Code: MOL066 (SB113B)
Teacher(s):
Gert Vriend

Contact: Gert Vriend
Url:
Type: Bachelor
Start date 2015-02-05
End date 2015-02-27

Description

Werkvormen

25 uur hoorcollege met practische oefeningen; de cursus wordt gegeven op de donderdag en vrijdag 

een serie praktijkproblemen relevant voor het onderzoek van de beide docenten.

Het rooster voor deze cursus is hier te vinden.

Vereiste voorkennis

Methoden: bioinformatica, (bio)chemie 1e en 2e studiejaar

Leerdoelen

De student kan na afloop zelfstandig eenvoudige macromoleculaire structuur gerelateerde problemen oplossen. De student kan eiwit en nucleinezuur structuren grafisch en computationeel analyseren. De student zal eenvoudige sequentie-structuur-functie relaties begrijpen en dit begrip in de praktijk kunnen toepassen voor de beantwoording van structuur gerelateerde vragen uit het biologische/medische domein.

Beschrijving

In het eerste gedeelte van de cursus worden vouwings motieven en folds besproken. Hierna komen de structurele aspecten van belangrijke biomoleculaire processen, zoals transcriptie, transmembraan signaal-transductie, en transport en mobiliteit, aan de orde.
In het tweede gedeelte worden meer theoretische aspecten behandeld, zoals vouwing en stabiliteit, binding en thermodynamische aspecten van biomoleculaire interacties. De nadruk zal liggen op bioinformatische methoden die gebruikt worden bij voorspelling van topologieën, effecten van (punt-)mutaties en het ontwerp van experimenten gericht op biologische, biomedische en farmacologische onderwerpen.

Tentaminering
Schiftelijk tentamen en verslagen van de opdrachten.
Literatuur
  • Handouts tijdens cursus