Structure, function & bioinformatics

25 uur hoorcollege met practische oefeningen; de cursus wordt gegeven op de donderdag en vrijdag 

een serie praktijkproblemen relevant voor het onderzoek van de beide docenten.

Het rooster voor deze cursus is hier te vinden.

Methoden: bioinformatica, (bio)chemie 1e en 2e studiejaar

De student kan na afloop zelfstandig eenvoudige macromoleculaire structuur gerelateerde problemen oplossen. De student kan eiwit en nucleinezuur structuren grafisch en computationeel analyseren. De student zal eenvoudige sequentie-structuur-functie relaties begrijpen en dit begrip in de praktijk kunnen toepassen voor de beantwoording van structuur gerelateerde vragen uit het biologische/medische domein.

In het eerste gedeelte van de cursus worden vouwings motieven en folds besproken. Hierna komen de structurele aspecten van belangrijke biomoleculaire processen, zoals transcriptie, transmembraan signaal-transductie, en transport en mobiliteit, aan de orde.
In het tweede gedeelte worden meer theoretische aspecten behandeld, zoals vouwing en stabiliteit, binding en thermodynamische aspecten van biomoleculaire interacties. De nadruk zal liggen op bioinformatische methoden die gebruikt worden bij voorspelling van topologieën, effecten van (punt-)mutaties en het ontwerp van experimenten gericht op biologische, biomedische en farmacologische onderwerpen.

• C. Branden, J. Tooze, 'Introduction to protein structure'.
• Handouts tijdens cursus