Comparative Genomics

Title: Comparative Genomics
Code: MOL073 (SB116B)
Teacher(s):
Martijn Huynen

Contact: Celia van Gelder
Url: http://www.cmbi.kun.nl/huynen/
Type: Bachelor
Start date 2012-02-01
End date 2012-04-04

Description

Lectures

This course is given on Wednesdays.

The schedule for this course can be found here.

 

Necessary prior knowledge

"Introduction to Bioinformatics" voor SK, MLW en NW studenten of bioinformatica onderdelen uit kwartaal 6 voor biologie studenten.

Goals

In de eerste drie dagen van de cursus behandelen we de elementaire stapen van sequentie analyse:

  • Hoe kan ik voorspelllen welk DNA voor een proteine codeert.
  • Hoe vergelijk ik multiple proteine sequenties met elkaar.
  • Hoe kan ik de functie van het gecodeerde proteine zo nauwkeurig mogelijk voorspellen.

Vervolgens behandelen we het vergelijken van complete genomen:

  • Hoe bepaal ik welke genen twee genomen delen, en hoe analyseer ik de evolutie van genomen.
  • Hoe bepaal ik in welke pathway een aantal proteinen betrokken zijn.
  • Hoe gebruik ik het vergelijken van genoom sequenties voor het voorspellen van nieuwe pathways.

De metabolische netwerken die uit de experimentele data komen, of uit de theoretische voorspellingen zijn vaak bijzonder ingewikkeld. In een van de laatste dagen van de cursus behandelen we technieken om de topologie van dit soort netwerken te beschrijven.

Op de voorlaatste dag behandelen we het gebruik van EST data voor allerlei doeleinden.

De laatste dag is bestemd voor een klein wetenschappelijk project.

Literature

Reader, wordt uitgereikt tijdens cursus.

Details

Men dient zich voor deze cursus tijdig aan te melden via het CMBI office.