Applied Bioinformatics

Description

Links

Course url 1: http://swift.cmbi.ru.nl/teach/B1B/

Course url 2: http://swift.cmbi.ru.nl/teach/DNA/index.html

The current schedule of this course can be found here.

Description

• Gebruik van databases en database search software. Gedegen kennis van de aminozuren, hun fysisch/chemische eigenschappen, en de relatie tussen deze eigenschappen en de structuur en functie van het hele eiwit.
• Begrip van de significantie van sequentie vergelijkingsresultaten.
• Secundaire structuur voorspelling en het gebruik van de voorspelde secundaire structuur bij het oplossen van eiwit sequentie gerelateerde vraagstukken.
• Sequentie en multiple sequentie alignment software gebruik en interpretatie van resultaten.
• Gebruik van gedetecteerde sequentie homologen, en (sequentie) databases en bijbehorende software om informatie over een nog ongekarakteriseerd eiwit te verzamelen.
• Tijdens de tweede helft van de cursus worden twee wat langere (enkele dagen) praktijkgerichte projecten gedaan over een belangrijk biologisch of biomedisch probleem uit de researchpraktijk, bijvoorbeeld een bepaald ziektebeeld, waarna de studenten zelf aan de slag gaan om dit probleem vanuit een bioinformatica invalshoek te bestuderen.

Goals

• De student is na afloop van deze cursus in staat om de methoden van de bioinformatica in de praktijk toe te passen op biologische, (bio)chemische en biomedische vraagstukken.
• De student kan databases bevragen via het WWW, en kan de gevonden eiwit- en DNA-sequenties analyseren en er een (multiple) sequence alignment mee maken.
• De student kent de aminozuren en begrijpt de onderliggende principes van eiwit structuren en sequenties en de sequentie-structuur-functie relatie, en kan deze ook toepassen.

Details

Deze cursus is bedoeld voor 2e jaars biologiestudenten (differentiatiecursus), ouderejaars biologiestudenten (als keuzevak) en andere belangstellenden.